El Órgano Interno de Control, antes Contraloría General, se constituyó en 1986 con el primer Contralor General, el C.P. Carlos Palau Trujillo, quien ocupó el cargo durante catorce años, seguido por el C.P. José Antonio Sandoval Torres, quien desempeñó la función durante tres años. De octubre de 2003 a diciembre de 2018, esta responsabilidad fue asumida por el C.P. José León Carlos Silva.

A partir de diciembre de 2018 y hasta julio de 2020, el C.P. José Cosme Ramírez Medellín ocupó el cargo como Contralor General de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Posteriormente, asumió la titularidad el Dr. Carlos González López, quien fue sucedido en el puesto por la Mtra. Anel Puente Loredo, habiendo desempeñado el cargo de marzo 2021 a febrero de 2024. De febrero a abril de 2024, fungió como Encargado de Despacho el L.C. Benjamín Jiménez Mendoza.

Actualmente, la titularidad del Órgano Interno de Control recae en la M.A.P. Karla Francisca Pantoja Banda, quien fue designada en el cargo por el Rector de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí y entró en funciones a partir del 01 de mayo de 2024.

El órgano interno de control (OIC), es una dependencia de la gestión coadyuvante en garantizar la gobernanza institucional y un referente en el desempeño y competitividad de las funciones de fiscalización y vigilancia de la correcta aplicación de los recursos humanos, económicos, materiales y normativos, para contribuir a una Institución con gobernabilidad; eficaz, eficiente y transparente.

Además, impulsar la cultura de la legalidad, disciplina, integridad, anticorrupción, así como, el cumplimiento de obligaciones administrativas en el ámbito universitario. El OIC se desempeña con apego a las atribuciones que le otorga la Ley Orgánica de la UASLP así como su Estatuto y demás disposiciones reglamentarias que de él emanan; implementando actividades de Control Interno institucional;actuando como órgano fiscalizador y de vigilancia; desarrollando mecanismos para la vigilancia del cumplimiento de las obligaciones administrativas establecidas en la Legislación Universitaria y ejecutando los procedimientos para el fincamiento de responsabilidades por presuntas faltas administrativas.