La Junta Suprema de Gobierno, es el órgano de autoridad máxima, que se establece fuera del gobierno ordinario, para dictar las decisiones en los casos extraordinarios y de situaciones graves que se presenten en la Universidad, e intervendrá en ellos solo a patición de la Rectoría o de una mayoría calificada consistente en las dos terceras partes de quienes integran el H. Consejo Directivo Universitario.
Estará integrada por cinco personas, designadas por el Consejo Directivo Universitario, que tendrán los mismos requisitos que señala el artículo 64 del Estatuto Orgánico, y que serán relevados uno cada dos años en marzo de los años de terminación impar, en el orden en que se sustituya al más antiguo. La designación que se hiciera para cubrir una vacante de las removibles será para concluir el periodo del integrante sustituido.
La Junta Suprema de Gobierno, se encuentra conformada por los siguientes integrantes: