El Sistema Integral de calidad está certificado bajo el estándar de la norma ISO 9001:2015, misma que se ha mantenido durante siete ciclos ininterrumpidos. Inició con procesos de dependencias administrativas (2003), transitó a la incorporación de entidades académicas (2007), continuó con los campus universitarios del interior del estado (2015) e incorporó institutos de investigación (2020). Actualmente reestructura procesos con apego a la dirección estratégica del Plan Institucional de Desarrollo para incluir en el alcance del Sical el cumplimiento de requisitos establecidos en la norma ISO 21001:2018 Sistema de gestión para las instituciones educativas (2024).

Un sistema de gestión de calidad promueve la mejora continua a través del ordenamiento y simplificación de procesos administrativos, a fin de proporcionar trámites y servicios en tiempo y forma en congruencia con la política de calidad.
Con la implementación del nuevo estándar la institución se compromete a optimizar los servicios para superar las expectativas de alumnos, académicos, personal y otros beneficiarios.

Se administra el Sical con la metodología de mejora continua PHVA (planear, hacer, verificar y actuar), e impacta en la mejora de la satisfacción del cliente, reducción de costos, incremento de la eficiencia operativa, aumento de la competitividad, cumplimiento de requisitos legales y normativos, involucramiento y satisfacción de los empleados, mejora de la imagen y reputación de la organización con las partes interesadas y la sociedad en general.